Jednym z najbardziej kontrowersyjnych zagadnień w zakresie podatków dochodowych był w ostatnich latach sposób opodatkowania przychodów akcjonariuszy spółek komandytowo-akcyjnych. Rozbieżności w orzecznictwie wynikały z niedostosowania przepisów ustaw o podatkach dochodowych do specyfiki przychodu osiąganego przez akcjonariuszy tych spółek.
Spółka komandytowo-akcyjna jest spółką osobową. Spółki osobowe są zaś transparentne podatkowo. Oznacza to, iż nie są odrębnymi podatnikami, a osiągany przez nie przychód podlega opodatkowaniu na zasadach właściwych dla poszczególnych ich wspólników (podatkiem dochodowym od osób fizycznych lub prawnych), jako przychód z działalności gospodarczej. Cechami takiego przychodu są: opodatkowanie przychodu należnego (a nie faktycznie otrzymanego) oraz obowiązek wpłacania comiesięcznych zaliczek w wysokości różnicy pomiędzy podatkiem należnym od dochodu osiągniętego od początku roku a sumą zaliczek należnych za poprzednie miesiące.
Jakkolwiek spółka komandytowo-akcyjna jest spółką osobową, pozycja jej akcjonariusza wykazuje zdecydowanie więcej podobieństw do pozycji akcjonariusza spółki akcyjnej, będącej osobą prawną, niż wspólnika spółki osobowej. Podatkowo doniosłą różnicą jest zwłaszcza wypłata zysku w formie dywidendy na podstawie uchwały walnego zgromadzenia, przy jednoczesnej niemożności dokonywania miesięcznej wypłaty zysku akcjonariuszowi. W konsekwencji akcjonariusz, który zbył swe akcje przed podjęciem uchwały o podziale zysku, nie otrzymuje dywidendy. Możliwym jest również, ich uchwała o podziale zysku za dany rok nie zostanie podjęta.
Można zatem wskazać, że akcjonariusz spółki komandytowo-akcyjnej jest biernym inwestorem, nastawionym na zysk z „lokaty”, jaką są akcje spółki. Specyfika spółki komandytowo-akcyjnej staje się szczególnie widoczna w wypadku dopuszczenia jej akcji do publicznego obrotu papierami wartościowymi, skutkująca częstą zmianą właścicieli akcji.
Zarówno organy podatkowe, jak i niektóre sądy administracyjne stały dotąd na stanowisku, iż akcjonariusz spółki komandytowo-akcyjnej winien, jako wspólnik spółki osobowej, obliczać i odprowadzać comiesięczne zaliczki na właściwy dla niego podatek dochodowy. Pogląd ten rozpowszechniony był zarówno w odniesieniu do podatników będących osobami fizycznymi, jak i prawnymi. Nie skutkowała argumentacja podatników, że taki sposób opodatkowania jest często niewykonalny z uwagi na obrót akcjami, a ponadto iż doprowadzić może do opodatkowania przychodu, który nigdy nie zostanie osiągnięty (z uwagi na niewypłacenie dywidendy bądź zbycie akcji przed tzw. „dniem dywidendy”).
Niektóre sądy próbowały ratować sytuację, wskazując – na gruncie podatku dochodowego od osób fizycznych – iż przychód z dywidendy wypłacanej przez spółkę komandytowo-akcyjną, jest przychodem z udziałów w zyskach osób prawnych (tak np. wyrok WSA w Krakowie z dn. 20.12.2007 r., I SA/Kr 1181/07). Pogląd ten był korzystny dla podatników, jednakże stał w jawnej sprzeczności z brzmieniem przepisów. Można było również spotkać się z poglądem, że jest to przychód z tzw. innych źródeł (tak np. wyrok WSA w Krakowie z dn. 2.07.2009 r., I SA/Kr 219/09), co pozwalało opodatkować go w roku otrzymania, z uniknięciem miesięcznych zaliczek, jednakże nie pozwalało na zastosowanie liniowej stawki podatku (19%).
Wobec forsowania przez orzecznictwo niekorzystnych zasad opodatkowania oraz przywołanych wyżej rozbieżności, akcjonariusze spółek komandytowo-akcyjnych będący osobami prawnymi z ulgą mogą przyjąć wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 4.12.2009 r. (II FSK 1097/08), w którym sąd ten uznał, iż przychody akcjonariusza spółki komandytowo-akcyjnej nie mogą być kwalifikowane jako związane z działalnością gospodarczą (art. 12 ust. 3 ustawy z dnia 15.02.1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych), pomimo iż stanowią one w sposób niekwestionowany przychód z udziału w spółce niebędącej osobą prawną. Oznacza to, iż opodatkowaniu nie podlega przychód należny, lecz faktycznie otrzymana dywidenda (przychód z prawa majątkowego). Podatnik nie jest również obarczony obowiązkiem comiesięcznego odprowadzania zaliczki na podatek dochodowy, uwzględniającej bieżące przychody i koszty spółki. Powyższy wyrok już doprowadził do zmiany stanowiska Ministra Finansów (por. indywidualna interpretacja z dnia 26.02.2010 r. IPPB3/423-2/07/10-S/GJ).
Pozostaje mieć nadzieję, iż w ślad za wyrokiem z 4.12.2009 r. NSA zaprezentuje podobne stanowisko w sprawie opodatkowania akcjonariuszy spółek komandytowo-akcyjnych będących osobami fizycznymi. Sytuacja w ich wypadku jest o tyle bardziej skomplikowana, iż nie każdy technicznie wykonalny model opodatkowania pozwala na uniknięcie progresji podatkowej
