Zgodnie z art. 51 ust. 1 pkt 3 prawa budowlanego w przypadku istotnego odstąpienia od zatwierdzonego projektu budowlanego lub innych warunków pozwolenia na budowę właściwy organ (w tym wypadku powiatowy inspektor nadzoru budowlanego) nakłada w drodze decyzji, określając termin wykonania, obowiązek sporządzenia i przedstawienia projektu budowlanego zamiennego, uwzględniającego zmiany wynikające z dotychczas wykonanych robót budowlanych oraz – w razie potrzeby – wykonania określonych czynności lub robót budowlanych w celu doprowadzenia wykonywanych robót budowlanych do stanu zgodnego z prawem. W decyzji organ wyznacza również termin do wykonania tych obowiązków.

Natomiast po upływie terminu wskazanego w wyżej wskazanej decyzji lub na wniosek inwestora, właściwy organ sprawdza wykonanie tego obowiązku, a następnie wydaje decyzję w sprawie zatwierdzenia projektu budowlanego i pozwolenia na wznowienie robót budowlanych albo – jeżeli budowa została zakończona – o zatwierdzeniu projektu budowlanego zamiennego. W decyzji tej nakłada się również obowiązek uzyskania decyzji o pozwoleniu na użytkowanie. Natomiast w przypadku niewypełnienia nałożonych obowiązków organ wydaje decyzję nakazującą zaniechanie dalszych robót budowlanych, rozbiórkę obiektu lub jego części, bądź doprowadzenie obiektu do stanu poprzedniego.

Niestety prawo budowlane nie zawiera regulacji w jakim terminie organ nadzoru budowlanego winien dokonać sprawdzenia wykonania nałożonego wcześniej obowiązku. Wydaje się więc, że należy przyjąć ogólne terminy załatwiania spraw w prawie administracyjnym wynoszące co do zasady 1 miesiąc, a przy sprawach bardziej skomplikowanych – 2 miesiące. Niezałatwienie sprawy w wyżej wskazanym terminie nie powoduje jednak automatycznego skutku w postaci zatwierdzenia projektu budowlanego. Uprawnia to, co najwyżej, do złożenia zażalenia na bezczynność do organu wyższego stopnia za pośrednictwem organu, który miał wydać daną decyzję (art. 37 k.p.a.). Organ rozpatrujący zażalenie, uznając je za uzasadnione, wyznacza dodatkowy termin załatwienia sprawy oraz zarządza wyjaśnienie przyczyn i ustalenie osób winnych niezałatwienia sprawy w terminie, a w razie potrzeby także podjęcie środków zapobiegających naruszaniu terminów załatwiania spraw w przyszłości.

W decyzji zatwierdzającej projekt budowlany organ nadzoru budowlanego nałoży obowiązek uzyskania pozwolenia na użytkowanie. Jest to odstępstwo od ogólnej zasady przewidzianej w art. 54 prawa budowlanego, zgodnie z którą do użytkowania obiektu budowlanego, na którego wzniesienie jest wymagane pozwolenie na budowę, można przystąpić, po zawiadomieniu właściwego organu o zakończeniu budowy, jeżeli organ ten, w terminie 21 dni od dnia doręczenia zawiadomienia, nie zgłosi sprzeciwu w drodze decyzji. Odrębność ta wynika ze stwierdzenia istotnych odstępstw od projektu budowlanego.

Po zakończeniu budowy, a przed wystąpieniem o uzyskanie pozwolenia na użytkowanie, inwestor jest zobowiązany wystąpić do Inspekcji Ochrony Środowiska, Inspekcji Sanitarnej, Państwowej Inspekcji Pracy i Państwowej Straży Pożarnej z zawiadomieniem o zakończeniu budowy obiektu budowlanego i zamiarze przystąpienia do jego użytkowania(art. 56 ust. 1 prawa budowlanego). Przedstawiony wyżej obowiązek dotyczy wyłącznie tych obiektów budowlanych, w stosunku do których ustawodawca przewidział konieczność uzyskania pozwolenia na użytkowanie. Organy zajmują stanowisko w sprawie zgodności wykonania obiektu budowlanego z projektem budowlanym. Jeżeli jednak organy te nie wyrażą swego stanowiska w terminie 14 dni od dnia otrzymania zawiadomienia poczytuje się, że nie zgłosiły one sprzeciwu lub uwag.

Natomiast do wniosku o udzielenie pozwolenia na użytkowanie inwestor jest obowiązany dołączyć:

1) oryginał dziennika budowy;

2) oświadczenie kierownika budowy:

a) o zgodności wykonania obiektu budowlanego z projektem budowlanym i warunkami pozwolenia na budowę oraz przepisami,

b) o doprowadzeniu do należytego stanu i porządku terenu budowy, a także – w razie korzystania – drogi, ulicy, sąsiedniej nieruchomości, budynku lub lokalu;

3) oświadczenie o właściwym zagospodarowaniu terenów przyległych, jeżeli eksploatacja wybudowanego obiektu jest uzależniona od ich odpowiedniego zagospodarowania;

4) protokoły badań i sprawdzeń;

5) inwentaryzację geodezyjną powykonawczą;

6) potwierdzenie, zgodnie z odrębnymi przepisami, odbioru wykonanych przyłączy.

Nadto inwestor jest obowiązany dołączyć do wniosku, o którym oświadczenia o braku sprzeciwu lub uwag ze strony organów wymienionych w art. 56.

Zgodnie zaś z art. 57 ust 6 prawa budowlanego wniosek o udzielenie pozwolenia na użytkowanie stanowi wezwanie właściwego organu do przeprowadzenia obowiązkowej kontroli.

Prawo budowlane w sposób jednoznaczny określa termin, w którym powinna być przeprowadzona obowiązkowa kontrola. Zgodnie z art. 59 c ust 1 prawa budowlanego winna ona być przeprowadzona przed upływem 21 dni od dnia otrzymania wniosku o udzielenie pozwolenia na użytkowanie, przy czym o terminie kontroli inwestor powinien być zawiadomiony w ciągu 7 dni od dnia złożenia tego wniosku. W omawianym przepisie, ani też w następnych, nie zawarto jednak regulacji dotyczącej niedotrzymania przez organ wyżej wymienionych terminów. Należy zatem przyjąć, że występuje wówczas zwłoka organu, do której mają zastosowanie przepisy Kodeksu postępowania administracyjnego. W przypadku takim inwestor będzie uprawniony do złożenia zażalenia na bezczynność do organu wyższego stopnia.

Ustawodawca zobowiązał też inwestora do udziału w obowiązkowej kontroli (art. 59c ust 2 prawa budowlanego). Wydaje się zasadne przyjęcie, że dopuszczalne jest w takim przypadku działanie inwestora również poprzez ustanowionego przez siebie pełnomocnika.

Dopiero po przeprowadzeniu tej kontroli organ wydaje decyzję o pozwoleniu na użytkowanie danego obiektu budowlanego, oczywiście pod warunkiem, że w kontroli tej nie stwierdzi żadnych innych odstępstw lub uchybień.